Crysis развивает основные идеи прошлой игры Crytek — Far Cry. Действие всё также происходит в джунглях, и игрок может решить каждую поставленную задачу разными способами.
В Crysis появилась возможность модифицировать оружие, изменяя его для большей эффективности боя в разных условиях. На оружие можно поставить оптические прицелы, гранатомёты, глушители и прочие модификации, которые наиболее подходят под ситуацию.

Одной из особенностей игры является нанокостюм, в который одет главный герой. Кроме защиты тела от ранений, нанокостюм способен распределять свою энергию для придания определённых способностей своему носителю. У нанокостюма есть четыре режима: броня, сила, скорость и невидимость. В режиме брони вся энергия нанокостюма направляется на увеличение защиты героя, позволяя ему выдержать несколько серьёзных ранений, кроме этого, автоматически лечатся полученные ранения. С увеличенной силой герой сможет кидаться тяжёлыми предметами, швырять врагов, наносить разрушительные удары руками, высоко прыгать. В режиме скорости герой может быстро бегать. Невидимость позволит герою стать незаметным для врагов, делая его костюм полупрозрачным. В этом режиме энергия будет расходоваться медленно если не двигаться и очень быстро если начать движение. Любой выстрел снимает режим маскировки, обнуляя энергию.

Искусственный интеллект врагов продвинулся по сравнению с Far Cry. Враги объединены в группы, они умеют маневрировать, обходить сзади, прикрывать друг друга, адаптироваться к изменению окружающей обстановки.