2020 год. Джейк Данн, он же "Номад", солдат подразделения Дельта, спецотряда "Хищники" и его команда - командир отряда "Пророк", а также "Псих","Шут" и "Ацтек" посылаются на тропические острова в Южно-Китайском море с целью спасения захваченных в плен солдатами Северной Кореи американских археологов. Эти археологи обнаружили следы инопланетной цивилизации. Вскоре (после недолгой войны с Кореей)инопланетяне, находившиеся тысячи лет глубоко под Землёй пробуждаются вследствие необдуманных действий корейских военных и захватывают остров путём изменения климата (заморозка всех джунглей), а так же с помощью роботов и боевых машин (экзокостюмов). Остров спешно эвакуируется, и на него сбрасывается атомная бомба (несмотря на предположения археолога Елены Розенталь о том, что это только усилит инопланетян, так как они обладают способностью извлекать энергию из любых источников). Это приводит к катастрофическим последствиям - инопланетяне уничтожают американский флот у берегов острова и начинают массовую экспансию нп Землю. Вместе с тем, "Номаду", "Психу" и Елене удается выжить, и, более того - найти способ при помощи нанокостюма отключать защитные поля инопланетян. История обрывается на том, как транспортник с героями игры берет курс на захваченный остров.